Dans la perspective d’une optimisation des aides qu’ils apportent aux collectivités de strates inférieures, l’Etat et les régions définissent des ensembles de politiques ou de projets qu’ils souhaitent soutenir et proposent un cadre général de contractualisation : le Contrat de Projets Etat-Région ou CPER, l’objectif étant de définir l’engagement pluriannuel de l’ensemble des partenaires sur un espace temps significatif.

Les périodes de référence sont actuellement de 7 ans, aussi le contrat actuellement en cours porte-t-il sur 2007-2013.

Courant 2006, un diagnostic de la situation de la Franche-Comté a été réalisé et des orientations stratégiques ont été déterminées.

C’est sur les bases de l’analyse effectuée et pour répondre aux problématiques exposées dans le diagnostic que le CPER a été structuré.

Les entités et/ou collectivités bénéficiaires potentielles sont identifiées dans le document CPER, elles peuvent déposer des projets qui sont examinés et évalués par différents comités : comités de suivi et comité de programmation. Si les propositions faites correspondent aux projets stratégiques définis dans le CPER ou aux politiques territoriales soutenues par l’Etat et la région, les projets deviennent éligibles et des règles de financement leur sont appliquées.